Після відкриття паперовий пакет уже не захищає борошно від вологи, сторонніх запахів і комірних шкідників. Тому продукт радять пересипати в щільно закриту тару.
Папір використовують не випадково: він пропускає повітря, тож залишкова волога після помелу зерна може випаровуватися під час фасування та дистрибуції. У повністю непроникній упаковці зайва вода залишилася б у продукті, а це може спричинити грудки й за несприятливих умов — появу цвілі.
Властивості борошна також залежать від його виду. Цільнозернове містить усі складові зерна, зокрема висівки й зародок. Біле борошно виробляють переважно з ендосперму — внутрішньої частини зерна, багатої на крохмаль і білок.
Навіть загнутий край паперового пакета чи затискач не ізолює вміст від середовища комори. Борошно та інші продукти переробки зерна належать до тих харчів, у яких можуть заводитися комахи, а відкрита або пошкоджена упаковка не стає для них перешкодою.
Папір не захищає і від коливань вологості. Борошно здатне вбирати воду з повітря, що впливає навіть на результат готування та випікання. У вологій кухні чи коморі можуть утворитися грудки, а надмірна вогкість створює умови для псування.
Кисень особливо впливає на цільнозернове борошно. Природні жири із зародка зерна після помелу починають окислюватися, і з часом продукт може набути згірклого смаку й запаху. Менший вплив повітря, світла й тепла уповільнює цей процес.
Борошно у відкритій паперовій упаковці також вбирає сторонні аромати. Тому його не варто зберігати поруч із цибулею, мийними засобами чи деякими медикаментами.
Для зберігання підійде герметичний контейнер зі скла або якісного харчового пластику з кришкою. Така тара обмежує доступ зовнішньої вологи й запахів, а також чинників, що пришвидшують псування.
Скло не пористе, не утримує запахів і дає змогу бачити, скільки продукту залишилося. Прозору ємність варто тримати в темній шафі чи коморі, оскільки світло й тепло пришвидшують погіршення якості. Харчовий пластик легший і стійкіший до ударів.
Для щоденного використання підходить прохолодна, суха й темна шафа. Для тривалого зберігання борошно можна поставити в холодильник або морозильну камеру, але контейнер має бути щільно закритий, щоб захистити продукт від вологи й запахів. Цільнозернове борошно рекомендують постійно тримати в холодильнику: за кімнатної температури природні олії в його складі швидше гіркнуть.