Юрій Бойко втратив звання Героя України, однак зберіг депутатський мандат і продовжив роботу у Верховній Раді. Нині він очолює депутатську групу «Платформа за життя та мир».
Політичний шлях Бойка пройшов через уряди Віктора Януковича й Миколи Азарова, Партію регіонів та «Опозиційну платформу – За життя» (ОПЗЖ). Його ім’я також пов’язували зі скандалом довкола закупівлі бурових платформ для державного підприємства «Чорноморнафтогаз», відомих як «вишки Бойка». У 2023 році Україна повернула їх під свій контроль.
У серпні 2006 року Бойко очолив Міністерство палива та енергетики у другому уряді Януковича. Наступного року він приєднався до Партії регіонів і став народним депутатом.
Після парламентських виборів 2012 року Бойко став віцепрем’єр-міністром в уряді Миколи Азарова. Він займався, зокрема, питаннями енергетики, промислової політики та природних ресурсів. Після Євромайдану залишив уряд і вийшов із Партії регіонів.
На парламентських виборах 2014 року Бойко був першим номером у списку «Опозиційного блоку». У листопаді 2018 року його виключили з фракції. Після цього він разом із Вадимом Рабиновичем створив міжфракційне об’єднання «Опозиційна платформа – За життя».
У 2019 році Бойко посів четверте місце на президентських виборах, набравши 11,67% голосів. Того ж року він очолив список ОПЗЖ на парламентських виборах, знову отримав депутатський мандат і став співголовою фракції.
Скандал навколо «вишок Бойка» стосувався закупівлі бурових платформ для державного «Чорноморнафтогазу». У 2011 році підприємство придбало через посередників дві установки вартістю по 400 млн доларів кожна. Тоді Бойко очолював Міністерство енергетики та вугільної промисловості.
Питання щодо вартості закупівлі виникли після заяви норвезької компанії Ferncliff. Там повідомили, що у 2012 році продали установку через дочірню компанію безпосередньо «Нафтогазу» за 220 млн доларів. У «Нафтогазі» називали суму 400 млн доларів і зазначали, що придбали платформу через Ризьку судноверф.
У травні 2017 року Генеральна прокуратура повідомила, що слідчі не знайшли прямих доказів причетності Бойка до схеми закупівлі. У доповідній записці начальника департаменту спецрозслідувань Сергія Горбатюка, оприлюдненій прессекретаркою генерального прокурора Ларисою Сарган, ішлося: «Слідством на цей момент не встановлені факти підписання від імені Бойка Ю. А. документів (наказів, листів, протоколів, узгоджень та інших) про проведення закупівель СПБУ, а допитані під час досудового розслідування свідки про безпосередню його участь у злочинній схемі закупівлі платформ за завищеними цінами не повідомляли, у зв’язку з чим прямих доказів такої участі не знайдено і проект повідомлення про підозру не складався».
Після заборони ОПЗЖ Бойко залишився у Верховній Раді. Після припинення діяльності фракції її колишні представники сформували дві депутатські групи: «Платформа за життя та мир» і «Відновлення України». Бойко очолив першу з них.
Питання позбавлення Бойка звання Героя України викликало окремий резонанс. Колишні представники ОПЗЖ у Верховній Раді тривалий час блокували відповідну ініціативу. Зрештою ухвалили рішення позбавити політика звання, але депутатський мандат він зберіг.